Der Plan wird jährlich vom Bundesministerium für Soziales, Gesundheit, Pflege und Konsumentenschutz (BMSGPK) unter Einbindung der Abteilung Tierarzneimittel, Hormone und Kontaminanten des Instituts für Lebensmittelsicherheit Wien als Nationales Referenzlabor sowie des Fachbereichs Integrative Risikobewertung, Daten und Statisitik neu erstellt und enthält genaue Vorgaben über die Anzahl der zu untersuchenden Tiere oder tierischen Erzeugnisse, über die Probenahme sowie über die zu untersuchenden Parameter und die anzuwendende analytische Methodik.

Die regionale Zuordnung der Probenkontingente sowie die Probenziehung liegen im Kompetenzbereich der Bundesländer. Sie werden im Rahmen der amtlichen Veterinär- und Lebensmittelkontrolle unter Berücksichtigung von örtlichen und regionalen Gegebenheiten durchgeführt. Bei Verdacht auf unzulässige oder vorschriftswidrige Anwendung von Tierarzneimitteln oder Hormonen werden zusätzliche Kontrollen durchgeführt und Proben gezogen.

Mit den Untersuchungen auf Tierarzneimittel und Hormone sind die Abteilung Tierarzneimittel, Hormone und Kontaminanten des Instituts für Lebensmittelsicherheit Wien betraut, ausgenommen Carbamate, Pyrethroide und verbotene Farbstoffe (z. B. Malachitgrün und Kristallviolett, die illegal in der Fischzucht als Antiparasitika eingesetzt werden könnten), die in der Abteilung Pestizid- und Lebensmittelanalytik des Instituts für Lebensmittelsicherheit Innsbruck analysiert werden.

Grundlegende, von der EU vorgegebene und im LMSVG verankerte, Voraussetzung für die im Rahmen des Rückstandkontrollplans tätigen Laboratorien ist die Akkreditierung gemäß EN ISO/IEC 17025.

Sowohl der jährliche Plan als auch die am Ende der Beobachtungsperiode gesammelten und vom BMSGPK in Zusammenarbeit mit der AGES - Fachbereich Integrative Risikobewertung, Daten und Statistik  ausgewerteten Daten werden an die EU-Kommission übermittelt.

Zur Untersuchung gelangen Blut, Harn und Futtermittel im Rahmen der Kontrolle der Tierbestände, tierisches Gewebe (Muskel, Leber, Niere, Nierenfett), Blut und Harn im Rahmen der Kontrolle anlässlich der Schlachtung sowie Proben aus der tierischen Primärproduktion wie Milch, Eier und Honig.

Das Stoffspektrum der Tierarzneimittel und Hormone umfasst nach allgemeinen Vorgaben der EU folgende Gruppen:

• verbotene Stoffe mit anaboler Wirkung und nicht zugelassene Stoffe wie Stilbene, Thyreostatika, Steroide, Resorcylsäure-Lactone, beta-Agonisten, verbotene Tierarzneimittel (Stoffgruppe A gemäß Richtlinie 96/23/EG)
• Stoffe mit antibakterieller Wirkung, z.B. Penicilline, Sulfonamide, Chinolone, Tetracycline, Makrolide, Aminoglycoside etc. (Stoffgruppe B1 gemäß Richtlinie 96/23/EG)
• Sonstige Tierarzneimittel wie Antiparasitika, Kokzidiostatika einschl. Nitroimidazole, Beruhigungsmittel, entzündungshemmende Mittel, Carbamate und Pyrethroide (Stoffgruppe B2 gemäß Richtlinie 96/23/EG)

Für die Auswahl der zu untersuchenden Stoffe im Einzelnen ist in erster Linie ihre Relevanz ausschlaggebend. Der NRKP ist kein starres Programm - Erkenntnisse aus den vorangegangenen Beobachtungsperioden sowie Empfehlungen der EU-Kommission und der EU-Referenzlaboratorien werden laufend berücksichtigt.

Zur raschen und kostengünstigen Prüfung auf mögliche positive Ergebnisse werden sogenannte "Screenings" eingesetzt, typischerweise verschiedene Immunoassays, wie etwa ELISA.

Zur Bestätigung nicht-negativer Screening-Ergebnisse sowie bei allen Substanzklassen, für die kein geeignetes Screening möglich ist, werden chromatographische Verfahren wie HPLC mit Spezialdetektoren (DAD und FLD), sowie HPLC und GC gekoppelt mit massenspektrometrischen Detektoren (LC/MS, LC/MS-MS, GC/MS) angewendet.  Für die Bestätigung für Rückstände von Hormonen und verbotenen Tierarzneimitteln (Stoffgruppe A gemäß Richtlinie 96/23/EG) sind ausschließlich Verfahren mit massenspektrometrischer Detektion zulässig.

Richtlinie 96/23/EG des Rates vom 29. April 1996 über Kontrollmaßnahmen hinsichtlich bestimmter Stoffe und ihrer Rückstände in lebenden Tieren und tierischen Erzeugnissen (ABl. EG Nr. L 125 vom 23.5.1996, S 10). [Anm.: diese Richtlinie wurde durch die Verordnung (EU) 2017/625 vom 15. März 2017 aufgehoben. Lediglich die Anhänge dieser Richtlinie sind noch bis Ende 2022 gültig]

Richtlinie 96/22/EG des Rates vom 29. April 1996 über das Verbot der Verwendung bestimmter Stoffe mit hormonaler bzw. thyreostatischer Wirkung und von β-Agonisten in der tierischen Erzeugung (ABl. EG Nr. L 125 vom 23.5.1996, S. 3).

Entscheidung der Kommission 97/747/EG vom 27. Oktober 1997 über Umfang und Häufigkeit der in der Richtlinie 96/23/EG des Rates vorgesehenen Probenahmen zum Zwecke der Untersuchung in Bezug auf bestimmte Stoffe und ihre Rückstände in bestimmten tierischen Erzeugnissen (ABl. EG Nr. L 303 vom 6.11.1997, S. 12).

Entscheidung der Kommission 657/2002/EG vom 12. August 2002 zur Umsetzung der Richtlinie 96/23/EG des Rates betreffend die Durchführung von Analysemethoden und die Auswertung von Ergebnissen (ABl. EG Nr. L 221 vom 17.8.2002, S. 8).

Verordnung (EU) 37/2010 der Kommission vom 22. Dezember 2009 über pharmakologisch wirksame Stoffe und ihre Einstufung hinsichtlich der Rückstandshöchstmengen in Lebensmitteln tierischen Ursprungs (ABl. 2010 Nr. L 15 S. 1, ber. ABl. 2010 Nr. L 293 S. 72).

Verordnung der Bundesministerin für Gesundheit und Frauen über Kontrollmaßnahmen betreffend bestimmte Stoffe und deren Rückstände in lebenden Tieren und Lebensmitteln tierischer Herkunft (Rückstandskontrollverordnung 2006) (BGBl. II Nr. 110 vom 13. März 2006).

Verordnung (EU) 2017/625 des europäischen Parlaments und des Rates vom 15. März 2017 über amtliche Kontrollen und andere amtliche Tätigkeiten zur Gewährleistung der Anwendung des Lebens- und Futtermittelrechts und der Vorschriften über Tiergesundheit und Tierschutz, Pflanzengesundheit und Pflanzenschutzmittel (ABl. L 095 vom 7.4.2017, S. 1)