Pestizidrückstände werden im Rahmen eines Kontrollprogrammes, welches durch Verordnungen der Europäischen Kommission für alle Mitgliedsstaaten verbindlich ist, europaweit kontrolliert. Die europäische Behörde für Lebensmittelsicherheit (EFSA) erstellt aus den in den europäischen Staaten gesammelten Daten regelmäßig Berichte, welche zum einen der Information über die Belastung der in der EU verfügbaren Lebensmittel dienen. Zum anderen kann anhand der Daten eine mögliche Gefährdung für KonsumentInnen beurteilt und dieser vorbeugend, z.B. durch Änderung bestehender Grenzwerte, entgegengewirkt werden.
Das Kontrollprogramm läuft über mehrere Jahre und wird europaweit koordiniert. Die europäischen Staaten erstellen nationale Kontrollprogramme, welche auch die EU-Kontrollprogramme umsetzen. Für die Umsetzung der Kontrolle in Österreich hat die AGES in Zusammenarbeit mit dem Bundesministerium für Soziales, Gesundheit, Pflege und Konsumentenschutz einen Probenplan entworfen. Dieser legt detailliert fest, welche Lebensmittelproben in welchem Umfang zu beproben sind, um die tatsächliche Situation realistisch durch Untersuchungen abbilden zu können. Dazu wurden statistisch erhobene Verzehrsdaten, die Verfügbarkeit von Lebensmitteln durch Produktion und Import und Erfahrungen früherer Überwachungs- bzw. Kontrollprogramme berücksichtigt.
Die Probenahme erfolgt in ganz Österreich durch Lebensmittelaufsichtsorgane der regionalen amtlichen Lebensmittelaufsicht (Landesbehörden). Neben Lebensmitteln aus konventioneller Erzeugung werden auch Lebensmittel aus ökologischem Anbau überwacht. Da eine Anwendung synthetischer Pflanzenschutzmittelwirkstoffe im ökologischen Landbau auf bestimmte Wirkstoffe eingeschränkt ist, dürfen Lebensmittel aus ökologischem Landbau keine anderen Pflanzenschutzmittelrückstände enthalten.