Mykotoxine sind Pilzgifte. Sie sind natürliche, sog. sekundäre Stoffwechselprodukte von Schimmelpilzen, die bei Menschen und Tieren eine toxische Wirkung zeigen, bzw. eine Mykotoxikose verursachen. Nicht zu den Mykotoxinen gezählt werden die Giftstoffe, die in bestimmten höheren Pilzen (z. B. Knollenblätterpilz) enthalten sind.
Im Gegensatz zu den Produkten des Primärstoffwechsels sind diese sekundären Stoffwechselprodukte nicht bei allen Organismen zu finden, sondern sind charakteristisch für ihren Produzenten.
Die FAO schätzt, dass bis zu 25 Prozent der Weltproduktion von Nahrungsmitteln mit Mykotoxinen kontaminiert sind. Etwa 20 Prozent der Getreideernte der EU enthalten messbare Mengen von Mykotoxinen.
Mykotoxine sind weitgehend hitzestabil und werden bei der Nahrungsmittelverarbeitung in der Regel nicht zerstört. Die Wirkung der Mykotoxine kann, abhängig von der Toxinart, akut oder chronisch toxisch sein. Symptome der akuten Vergiftung bei Tieren sind z. B. Leber- und Nierenschädigungen, Angriffe auf das zentrale Nervensystem, Haut- und Schleimhautschäden, Beeinträchtigung des Immunsystems oder hormonähnliche Effekte. Bereits Toxinmengen, die noch keine oder geringe Krankheitssymptome auslösen, können krebserzeugend sein, Erbschäden bewirken oder zu Missbildungen beim Embryo führen.