Mykotoxine sind Gifte von Schimmelpilzen, die Getreide bereits am Feld oder bei der Lagerung befallen. Mit der Schwerpunktaktion wurde die Mykotoxinbelastung von Weizen und Roggen aus konventionellem und biologischem Anbau überprüft. Keine Probe wurde beanstandet.

Im Rahmen einer Schwerpunktaktion wurden 32 Kakaoprodukte auf Kontaminanten untersucht. Zwei von 32 Proben wurden wegen ihres PAK-Gehaltes beanstandet, bei einer Probe war der Gehalt an Cadmium auffällig. Eine Probe enthielt eine nicht zugelassene Zutat, die als Novel Food einzustufen ist.

Mit der Schwerpunktaktion "Mykotoxine in Mais und Maisprodukten" wurde der Gehalt von Schimmelpilzgiften in Mais und Maisprodukten überwacht, speziell in Hinblick auf die klimatischen Einflüsse, die die Bildung dieser Toxine wesentlich beeinflussen.

Kleinkinder sind eine besonders schutzwürdige Bevölkerungsgruppe. Die Schwerpunktaktionen "Säuglingsanfangs- und Folgenahrung auf Milchbasis" werden daher jedes Jahr mit wechselndem Analysenumfang durchgeführt. 2017 mussten zwei Proben als gesundheitsschädlich beurteilt werden.

Im Herbst 2015 wurden aufgrund eines bundesländerübergreifenden S. Stanley Krankheitsausbruchs 15 Puten-Kebabspieße auf Salmonella untersucht (SPA-A-047). 4 Proben waren positiv, also 26,7% (95%-KI [11%–52%]). Die nachgewiesenen Salmonellen (S. Derby, S. Saintpaul & S. Infantis) sind pathogen. Eine AGES-Task Force identifiziert Salmonella Serovare ≠ SE, ST (z. B. Stanley, Infantis), als ein Thema, welches erhöhter Aufmerksamkeit und Aufklärung Bedarf.