Der Übertragungsweg der Infektiösen Anämie der Einhufer erfolgt hauptsächlich durch blutsaugende Insekten wie Stechmücken, Stechfliegen (Wadenstecher) und Bremsen. Das EIA-Virus überdauert auf den Mundwerkzeugen lediglich 30 Minuten bis einige Stunden und wird im Insekt nicht vermehrt. Eine Übertragung über größere Entfernungen (mehr als 200 m) konnte nicht beobachtet werden. Die Übertragungsrate ist im späten Frühjahr ansteigend, kulminiert im späten Sommer und Frühherbst und ist im Winter am geringsten. In Flusstälern, Sumpf- und Waldgebieten ist die Häufung von Krankheitsfällen nach Weidegang am größten, auf Hochweiden und bei Stallhaltung geringer. Die regionalen und jahreszeitlichen Verteilungsmuster werden mit dem Auftreten und der Populationsdichte der Insekten erklärt.

Die Übertragung von Pferd zu Pferd setzt einen engen Tierkontakt voraus. Das Virusreservoir bilden chronisch erkrankte Pferde, die lebenslang Träger des Virus sind; in seuchenfreie Herden wird das Virus meist durch chronisch infizierte Tiere eingeschleppt. Die Übertragung kann im Zuge des Fortpflanzungsaktes, bei trächtigen Stuten über die Plazenta auf den Fötus, die Muttermilch sowie über Exkretion von Speichel und Urin erfolgen.
 
Auch eine Übertragung durch mit Blut und Sekreten kontaminierte Pflegeutensilien bzw. durch das Maulgatter, als auch über Injektionskanülen, chirurgische Instrumente und nicht lizensierte Blut- und Plasmaprodukte ist möglich.

Der Verlauf der Krankheit ist vom Allgemeinzustand des Tieres abhängig. Die Inkubationszeit beträgt 1-3 Wochen, selten länger als 3 Monate.

Danach kommt es zum Temperaturanstieg auf über 40 °C; das Fieber kann eintägig sein, kann aber auch einige Tage andauern. Die Tiere sind matt, werden anämisch und zeigen gestaute, manchmal ikterische Schleimhäute als Folge einer eintretenden Herzschwäche. Konditions- und Gewichtsverlust sind die Folge. Erkrankte Tiere können auf der Hinterhand schwanken und zeigen oftmals Ödembildungen an Gliedmaßen, Bauch und Unterbrust. Bei therapieresistenten Fieberschüben als auch bei Thrombozytopenie (= Mangel an Thrombozyten) sollte die EIA differenzialdiagnostisch abgeklärt werden.

Die infektiöse Anämie der Pferde kann als perakute (plötzlicher Tod), akute oder chronische Erscheinungsform auftreten. Die akute Form der Erkrankung endet meist tödlich, die Tiere können innerhalb weniger Tage sterben. Bei der chronischen Erkrankung kann die Krankheit mehrere Jahre andauern.

Die akute Verlaufsform äußert sich in Fieber, Apathie, Schwäche, Störungen der Bewegungskoordination (= Ataxie), Gelbsucht (= Ikterus), Herzrasen, Herzarrhythmie und Blutungen aus den Kapillaren der Schleimhäuten (= Petechien), die vor allem an der Zungenunterseite sowie auf Schleimhäuten und Lidbindehäuten auftreten. Bei trächtigen Stuten kann es zu Aborten und zur Geburt von lebensschwachen Fohlen kommen.

Die chronische Form ist durch Erkrankungsschübe mit Fieberanfällen, Abgeschlagenheit und Ödembildung an der Bauchunterseite gekennzeichnet. Die Krankheitsschübe, die im Abstand von 4-6 Wochen auftreten, dauern 2-5 Tage. Danach sind die Tiere wieder beschwerdefrei bis ein neuerlicher Krankheitsschub erfolgt. Mit zunehmender Dauer der Erkrankung entwickeln die Tiere eine Anämie und Hypergammaglobulinämie (= erhöhter Gehalt an Gammaglobulinen im Blut). Sie werden schließlich so schwach, dass sie nicht mehr stehen können. Die Tiere magern trotz Futteraufnahme ab.

Ein infiziertes Tier muss als lebenslanger Virusträger (persisitierende Virämie) und potentieller Virusausscheider angesehen werden, unabhängig davon, ob eine klinische Manifestation beobachtet wird, 30 bis 90 % der Infektionen verlaufen oft sehr lange Zeit ohne augenscheinlicher Krankheitssymptome. Die der Krankheit Namen gebende Anämie wird oft nicht beobachtet - sie entsteht durch immunpathologischen Zerfall der roten Blutkörperchen.

Bislang gibt es weder eine Therapie noch einen wirksamen Impfstoff. Die EIA ist in allen EU-Mitgliedstaaten anzeigepflichtig und zählt zu den meldepflichtigen Tierseuchen an die Weltorganisation für Tiergesundheit (OIE). Beim Ankauf von Pferden aus Anämiegebieten sollte vorher ein Antikörper-Nachweis zum Ausschluss der EIA vorgenommen werden.

Pathologische Merkmale, Nachweisverfahren

Die Diagnose der EIA beruht auf serologischen Nachweisverfahren (Coggins-Test oder ELISA), da die PCR-Methode derzeit weder an die Sensitivität und Spezifität der serologischen Nachweisverfahren herankommt noch eine Routinemethode in der Diagnostik darstellt. Die Antikörper sind mittels Coggins-Test frühestens 2 bis 3 Wochen, selten mehr als 60 Tage nach der Infektion nachweisbar.

Differentialdiagnostisch sind die Equine Virale Arteritis, die Afrikanische Pferdepest, die Piroplasmose, Babesiose, Ehrlichiose, Leptospirose, Petechialfieber, eine Nieren-oder Herzerkrankung, chronisch bakterielle Infektionen, schwerer Parasitenbefall oder ein Magen- und Darmkatarrh zu beachten.