Viren in Lebensmitteln sind insofern schon lange ein Thema, als es bei lebensmittelbedingten Erkrankungen einen relativ hohen Prozentsatz gab, wo die Ursache nicht eindeutig geklärt werden konnte. Erst mit modernen molekularbiologischen Verfahren ist ein Nachweis mit vertretbarem Aufwand und erforderlicher Sensitivität möglich. Die größte Bedeutung in Zusammenhang mit Lebensmitteln haben derzeit Noroviren und in bestimmten Regionen Hepatitis A.
Diese kommen vorwiegend über fäkal verunreinigtes Wasser auf bzw. in die Lebensmittel (Muscheln als wasserfiltrierende Organismen konzentrieren die Viren in ihrem Verdauungsapparat). Diese Viren sind in der Umwelt relativ stabil, sodass die Untersuchung auf Fäkalindikatoren nicht unbedingt aussagekräftig ist bzw. die Abwesenheit solcher keine absolute Sicherheit bietet.
Bei Noroviren ist auch eine direkte Kontamination (und auch Infektion ohne Lebensmittel als Vektor) bei mangelnder Händehygiene möglich. Personen, die eine Erkrankung überstanden haben, können diese Viren noch ausscheiden, aber in einem solchen Fall geht man von geringen Kontaminationsraten aus, was einen Nachweis erschwert, aber für eine Erkrankung der KonsumentenInnen ausreichend sein kann.
Bei der Abklärung eines Erkrankungsgeschehens ist auch die Inkubationszeit zu bedenken, die bei Noroviren relativ kurz (12 - 72 Stunden) ist und so leichter ein Bezug zum konsumierten Lebensmittel hergestellt werden kann als bei Hepatitis A, bei der mehrere Wochen bis zur Diagnose vergehen können.
Die EFSA (Europäische Behörde für Lebensmittelsicherheit) hat sich bereits mit diesem Thema beschäftigt und Vorschläge erarbeitet, wie das Problem zu beherrschen sein sollte. Am wichtigsten ist Hygiene auf allen Stufen der Lebensmittelkette (Produktion, Verarbeitung und Handel), großräumig ist auch die Dimensionierung der Kläranlagen zu bedenken (damit bei Niederschlagsspitzen kein Abwasser in Muschelproduktionsgebiete "überfließt") und die Verwendung von einwandfreiem Bewässerungswasser oder auch Prozesswasser.
International geht man davon aus, dass es nicht sinnvoll ist, breitflächig auf diese Viren zu untersuchen. Bei Hochrisikoprodukten wie Austern (die ja überwiegend roh verzehrt werden) wird aber ein Grenzwert diskutiert, der aber noch nicht festgelegt ist. Eine Alternative wäre hier auch die Ausdehnung der Überwachung der Produktionsgebiete.