Vergleich unterschiedlicher Nukleinsäure-Amplifikationssysteme für SARS-CoV-2

veröffentlicht am: 20.03.2020

Im folgenden Bericht werden drei verschiedene Systeme zum Nachweis von SARS-CoV-2 mittels reverser Transkription und anschließender Amplifikation von Virus-spezifischer Nukleinsäure beschrieben.

Das aktuell in der AGES verwendete System erfasst das virale E- und -RdRp-Gen mit interner Kontrolle (EAV, Equine Arteritis Virus) entsprechend der WHO-Empfehlung: Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR (Victor M Corman et al., 2020) und ist ein „homebrew“-System bei dem Primer, Sonden und Kontrollen von TIB-MolBiol (Berlin) und Puffer/Enzym von Invitrogen SuperScriptTM III One-Step RT-PCR System (ThermoFischer) zum Einsatz kommen.

Im ersten Ansatz („screening“) wird ein 76 Basenpaar langes Fragment des viralen E-Gens und die interne Kontrolle (EAV, Extraktions- und PCR-Kontrolle) erfasst. Positive Proben bei der E-Gen-PCR werden zusätzlich mit RdRp (100 Basenpaare) zur Bestätigung getestet. Das zweite System, ein „Schnelltest“ mit isothermer Amplifikation von MIRAI GENOMICS verwendet den SmartAmp 2nd Kit der Firma RIKEN (Japan). Der dritte Testkit ViroReal® Kit SARS-CoV-2 & SARS verwendet das virale N-Gen als Zielsequenz und wird von der Firma Ingenetix (Wien) produziert.

Die drei getesteten Systeme stimmten in 90 der 94 getesteten Patientenproben überein. In zwei Fällen (Proben 850500 und 850514) fiel der Bestätigungstest nach positivem E-Gen mit RdRp negativ aus (Routinesystem AGES), aber sowohl MIRAI als auch Ingenetix waren positiv. Dabei waren die „Cp-Werte“ bei der isothermen Amplifikation sehr hoch (75,25 und 82,32). Sowohl MIRAI (850461) als auch Ingenetix (850502) ergaben jeweils ein positives Ergebnis bei negativem E- und RdRp-Gen.

Florian Gruber, MedUni Wien
Peter Hufnagl, AGES


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