Der Kleine Bienenstockkäfer ist für seine Vermehrung auf Bienenvölker als Wirt spezialisiert. Erwachsene Käfer können bis zu 16 Kilometer fliegen, um einen Bienenstock zu finden.

Nach der Paarung legen die Weibchen eine große Anzahl von Eiern bevorzugt in Ritzen und Spalten der Bienenstöcke ab.

Die Larven schlüpfen aus dem Ei und fressen im Bienenvolk Brut, Pollenvorräte und Honig. Ausgewachsen verlassen sie das Bienenvolk und verpuppen sich in der Erde in der Nähe des Bienenvolkes: Sie graben sich vor dem Flugloch des Bienenstocks fünf bis 60 cm tief in die Erde.

Ist der Untergrund nicht geeignet, können sie dabei bis zu 80 Meter wandern. In der Erde verpuppen sich die Larven. Die Puppenruhe dauert drei bis vier Wochen.

Die frisch geschlüpften Käfer sind nach einer Woche paarungsreif und suchen erneut Bienenvölker zur Vermehrung auf.
Je nach Klima sind 1 bis 6 Generationen im Jahr möglich. Die erwachsenen Käfer können in der Wintertraube überwintern und dadurch auch in kalten Regionen überleben (z. B. USA, Kanada).