Die große Mehrheit der GVO-Zulassungsverfahren betrifft die Verwendung von GVOs als Lebens-und/oder Futtermittel. Ablauf und die Anforderungen an diese Zulassungsverfahren sind durch die Verordnung (EG) Nr. 1829/2003 folgendermaßen geregelt:

Das Antragsdossier für die Zulassung eines neuen GVO wird vom Antragsteller bei einer zuständigen nationalen Behörde eingereicht. In Österreich ist die zuständige nationale Behörde das Bundesministerium für Gesundheit und Frauen. Das Dossier enthält eine umfangreiche Datensammlung zur genetischen Modifikation des GVO, die eine wissenschaftliche Risikobewertung hinsichtlich möglicher negativer Auswirkungen, die durch das Inverkehrbringen entstehen könnten, gestatten soll. Betrifft der Antrag Erzeugnisse, die einen genetisch veränderten Organismus enthalten oder aus einem solchen bestehen, muss auch eine Umweltverträglichkeitsprüfung durchgeführt und ein Monitoringplan vorgelegt werden.

Die nationale Behörde leitet das Antragsdossier umgehend an die EFSA weiter, die das Dossier auf Vollständigkeit überprüft und für alle EU-Mitgliedstaaten zugänglich macht. Ab diesem Zeitpunkt hat die EFSA sechs Monate Zeit, eine wissenschaftliche Stellungnahme zu dem Dossier abzugeben. Die Mitgliedstaaten haben drei Monate Zeit, eine fachliche Bewertung des Dossiers an die EFSA zu übermitteln. Die nationalen Bewertungen fließen in die EFSA-Stellungnahme mit ein. Werden vom EFSA GMO Panel zusätzliche Daten angefordert, kann der Begutachtungszeitraum von sechs Monaten auch überschritten werden.

Die EFSA-Stellungnahme wird an die Europäische Kommission weitergeleitet und veröffentlicht. Innerhalb von drei Monaten macht die Kommission einen Vorschlag zur Zulassung oder Ablehnung des GVO, der an den Ständigen Ausschuss für die Lebensmittelkette und Tiergesundheit (SCPAFF) übermittelt wird. Dieser Ausschuss stimmt über den Vorschlag ab. Wird dieser mit qualifizierter Mehrheit angenommen, kann die Kommission die Entscheidung sofort umsetzen. Ohne qualifizierte Mehrheit im SCPAFF wird der Entscheidungsentwurf einem Berufungsausschuss (Appeal Committee) vorgelegt. Eine einfache Mehrheit im Berufungsausschuss reicht für eine Entscheidungsfindung aus. Kann im Berufungsausschuss keine Mehrheit erzielt werden, trifft die Europäische Kommission eine Entscheidung. Eine GVO-Zulassung gilt für einen Zeitraum von 10 Jahren.