Das Risiko, in Österreich an West Nil Fieber zu erkranken, ist sehr gering. Bislang wurden in Österreich beim Menschen keine schweren Infektionen gemeldet. Wiederholt wurde das Virus aber bereits in verendeten Vögeln nachgewiesen. In Ungarn erkrankten im Jahr 2011 insgesamt 3 Personen, in Rumänien 10, in Griechenland 69; in Nord-Italien erkrankten im Jahr 2011 14 Personen an West Nil Fieber.

Bei infizierten Vögeln sind meist keine Anzeichen einer klinischen Erkrankung festzustellen. Werden Pferde mit dem Virus infiziert, kann es nach einer Inkubationszeit von 2-14 Tagen zu unspezifischen, neurologischen Symptomen auf Grund einer Gehirnhautentzündung kommen (Bewegungsstörungen, Stolpern), bisweilen wurde auch eine fieberhafte Allgemeinsymptomatik beobachtet. Bei anderen Säugetieren - sehr häufig aber auch bei Pferden - verläuft die Erkrankung gänzlich ohne erkennbare klinische Symptome. Eine prophylaktische Impfung von Pferden gegen West Nil Fieber ist in Österreich erhältlich.

Seit 2008 führt die AGES am Standort Mödling in Kooperation mit der Flavivirus-Referenzzentrale des Bundesministeriums am Department für Virologie der Medizinischen Universität Wien ein WNV-Überwachungsprogramm im Auftrag des BMG bei Wildvögeln und seit 2011 auch bei Pferden durch. Der Schwerpunkt des Programms liegt bei Greifvögeln, Sperlingsvögeln und Rabenvögeln wie Raben und Krähen, denen eine zentrale Rolle bei der Verbreitung des Erregers zugeschrieben wird. Zusätzlich werden auch Wildvögel anderer Vogelspezies aus dem bestehenden Geflügelpest Überwachungsprogramm auf WNV untersucht. Im Jahr 2011 konnten keine WNV Infektionen bei Wildvögeln mittels PCR und Antikörper-ELISA nachgewiesen werden. In den Jahren 2008 und 2009 wurde bei 4 bzw. 3 Greifvögeln das West Nile Virus nachgewiesen. In  den Jahre 2010 und 2011 gelang kein Virusnachweis.

Zusätzlich zur Überwachung im Vogelbestand wurden im Jahr 2011 im Rahmen eines WNV-Screening für Pferde insgesamt 164 Pferdeseren verteilt über das gesamte Bundesgebiet auf einen möglichen WNV-Nachweis untersucht, dabei wurde eine WNV spezifische real-time RT-PCR durchgeführt – in keiner der 164 Proben konnte ein WNV-Genomabschitt nachgewiesen werden.

Um eine allfällige ältere Infektion auszuschließen wurde mittels eines speziellen Flavivirus Antikörper ELISA (das Testsystem differenziert nicht zwischen WNV, FSME (Frühsommermeningoenzephalitisvirus), Usutusvirus usw.) weitere Untersuchungen an den vorhandenen Seeren durchgeführt. 71 Proben erbachten zwar ein positives ELISA-Ergebnis für Flaviviren, mit Hilfe von spezifischer FSME- und WNV-Serumneutralisationstests bzw. der Nachforschung ob die Tiere gegen West Nile in der Vergangenheit geimpft wurden  bzw. sich im Ausland (Turniersport) aufgehalten haben konnte eine autochtone Infektion von Pferden in Österreich mit großer Sicherheit ausgeschlossen werden. Klinische WNV-Infektionen bei Pferden konnten bis dato in Österreich nicht nachgewiesen werden.

Obwohl beim Menschen der Großteil der Infektionen ohne klinische Symptome oder als milder fieberhafter Infekt verläuft, kommt es in etwa 1 von 150 Infizierten (vor allem älteren Personen) zu einer Erkrankung des Zentralnervensystems (Meningitis, Enzephalitis), die auch tödlich verlaufen kann. Neben sporadischen Infektionen in Süd-, Mittel- und Osteuropa hat es wenige größere lokale Ausbrüche gegeben, z.B. 1996 in Bukarest (393 Erkrankungen, 17 Todesfälle), 1999 in Volgograd (826 Erkrankungen, 40 Todesfälle) und 2010 in Nord-Griechenland (262 Erkrankungen und 35 Todesfälle). Bei solchen Ausbrüchen handelt es sich um unregelmäßige, geografisch und zeitlich limitierte Phänomene, deren Auftreten zum derzeitigen Stand des Wissens nicht vorhersehbar ist (ECDC Factsheet for Health Professionals).

Die Nationale Referenzzentrale am Department für Virologie der Medizinischen Universität Wien hat nun durch die vom BMG beauftragte Untersuchung archivierter Proben von Patienten mit einer ZNS-Erkrankung (Jahre 2009, 2010 und 2011) nachgewiesen, dass in Österreich sporadische Infektionen mit dem West Nil Virus aufgetreten sind (2 im Jahr 2009, 1 im Jahr 2010, 0 im Jahr 2011). Obwohl es keinerlei Hinweise für ein gehäuftes Auftreten des West Nil Virus in Österreich gibt, sollte bei ZNS Symptomatik – vor allem bei älteren Personen nach Aufenthalt in einem Land mit bestätigten Erkrankungsfällen während der warmen Jahreszeit – auch an die Möglichkeit dieser Virusinfektion gedacht werden.

Im Süden Europas (insbesondere in bestimmten Regionen Griechenlands und Italiens - siehe >>ECDC Update on West Nile fever cases in the European Union and neighbouring countries) wurden auch im vergangenen Jahr vermehrt Erkrankungen registriert. Es sollte daher bei Reiserückkehrern aus solchen Regionen bzw. anderen Endemiegebieten (z.B. USA) innerhalb der Inkubationszeit von 2 bis 14 Tagen –insbesondere in den Sommermonaten - an die Möglichkeit einer West Nil Virus Infektion gedacht werden.

Da eine weitere geografische Ausweitung betroffener Regionen möglich ist, hat das Bundesministerium für Gesundheit ein Programm zur Überwachung der West Nil Situation in Österreich sowohl im Human- als auch im Veterinärbereich etabliert.