Mit dem Flugbeginn der Kirschfruchtfliege setzt auch der Zeitpunkt der Bekämpfungsmaßnahmen ein. Bei warmer Witterung erfolgt die Eiablage in die Kirschen, wenn sich diese von grün auf gelb umfärben. Zu dieser Zeit sind gezielte Behandlungen mit einem zur Kirschfruchtfliegen-Bekämpfung zugelassenen Insektizid (Präparate mit Dimethoat oder Acetamiprid als Wirkstoff) und Netzmittelzusatz möglich. Diese Pflanzenschutzmittel sind im Amtlichen Pflanzenschutzmittel-Register im Internet unter: http://pmg.ages.at/pls/psmlfrz/pmgweb2$.Startup und für die Integrierte Produktion (ÖPUL) in den IP-Listen des Lebensministeriums unter: http://www.lebensministerium.at/land/produktion-maerkte/pflanzliche-produktion/pflanzenschutz/ipp-listen.html. Beim Applikationszeitpunkt ist besonders auf die Wartefrist des verwendeten Präparates im Zusammenhang mit den vermutlichen Ernteterminen achten.
Mit Gelbtafeln (gelbe Leimtafeln) kann nicht nur der Flugbeginn der Kirschfruchtfliege bestimmt werden, sondern auch eine biotechnische Bekämpfung erfolgen, vor allem im Haus- und Hobbygarten. Wenn diese Gelbtafeln zu Flugbeginn in ausreichender Anzahl (je nach Baumgröße 2 bis 10 Tafeln) in den äußeren und sonnseitigen Kronenbereich der Kirschbäume aufgehängt werden, kann ein Großteil der zufliegenden Kirschfruchtfliegen abgefangen und damit weniger Früchte befallen werden. Achtung: Da auch Nützlinge und andere Insekten abgefangen werden, Tafeln nur von Flugbeginn bis Erntebeginn verwenden!
Auch das Abernten aller Früchte (inclusive der befallenen) hilft mit, den Befall im nächsten Jahr zu vermindern.